自然界中，磷的循環(huán)包括可溶性無機(jī)磷的同化、有機(jī)磷的礦化、不溶性磷的溶解。微生物分解含磷化合物的作用，分為有機(jī)磷化合物的分解和無機(jī)磷化合物的分解兩種。分解有機(jī)磷化合物主要是微生物產(chǎn)生的各種酶參與的結(jié)果，核酸和磷脂只有在相應(yīng)的酶的作用下才能分解。
有機(jī)磷化合物在土壤復(fù)合體中變化復(fù)雜，極易形成難分解的產(chǎn)物，如植酸在酸性土壤中易于鐵、鋁結(jié)合，形成極難分解的化合物；有機(jī)磷化合物在泥炭、腐殖質(zhì)中，與某些有機(jī)質(zhì)形成絡(luò)合物。
形成難分解的物質(zhì)后，只有相對應(yīng)的微生物相應(yīng)酶才能分解。芽孢桿菌對植酸的分解；熒光假單胞菌和解磷巨大芽孢桿菌對卵磷脂、核酸的分解；磷酸酶對有機(jī)磷化合物的分解。
微生物促進(jìn)磷有效化的另一個重點(diǎn)，對土壤中無機(jī)磷的溶解作用。微生物生命活動產(chǎn)生的無機(jī)酸和有機(jī)酸，其中的有機(jī)酸大都具有溶磷作用。有機(jī)酸中的葡萄糖酸對難溶性磷酸鹽溶解作用明顯。羥基酸可與鈣、鐵離子構(gòu)成絡(luò)合物，提高磷酸鹽的溶解度。
土壤中的磷（包括施入的磷肥）容易被固定單純依靠增施磷肥不能提高作物產(chǎn)量和品質(zhì)，還會造成磷過量的副作用：
一、施用磷肥過量，會使作物從土壤中吸收過多的磷素營養(yǎng)
過多的磷素營養(yǎng)會促使作物呼吸作用過于旺盛，消耗的干物質(zhì)大于積累的干物質(zhì)，造成繁殖器官提前發(fā)育，引起作物過早成熟，籽粒小，產(chǎn)量低。
二、誘發(fā)土壤缺鋅
過量施用磷酸鈣后，會使土壤里的鋅與過量的磷作用，產(chǎn)生磷酸鋅沉淀，作物無法吸收，使作物出現(xiàn)明顯缺鋅癥狀；過量施用鈣鎂磷肥等堿性磷肥后，會使土壤堿化，使鋅的有效性降低，影響作物對鋅的吸收。
三、過量施磷會使作物得磷失硅
據(jù)研究，過量施用磷肥后，還會造成土壤中的硅被固定，不能吸收，引起作物缺硅，特別是對喜硅的禾本科作物的影響更大。如喜硅作物水稻，若不能從土壤中吸收到較多的硅元素就會發(fā)生莖稈纖細(xì)，倒伏及抗病能力差等缺硅癥狀。
四、過量施磷會使作物得磷缺鉬
適量施用磷肥，會促成作物對鉬的吸收，但過量施用磷肥，卻會使磷和鉬失去營養(yǎng)平衡，影響作物對鉬的吸收，表現(xiàn)出“缺鉬癥”。
五、造成土壤中有害元素積累
磷肥主要來源于磷礦石，磷礦石中含有許多雜質(zhì)。其中包括鎘、鉛、氟等有害元素。而且施用磷肥會引起土壤中鎘的增加，其年增長量分別為0.15％和0.08％，且這種鎘有效性高，易為作物吸收，給人畜造成危害。
六、過量施磷肥會造成土壤理化性質(zhì)惡化
過磷酸鈣含有大量的游離酸，連續(xù)大量施用，會造成土壤酸化。鈣鎂磷肥含有25%-30%的石灰。大量施用會使土壤堿性加重和理化性質(zhì)惡化。
