據(jù)“酶鎖理論”，土壤微生物可作碳“捕集器”，以減少大氣中的溫室氣體。但2021年7月發(fā)表在《自然—通訊》的實驗結果表明土壤微生物也“吃”多酚，可能會釋放二氧化碳，這些實驗結果與“酶鎖理論”背道而馳。

　　生活在土壤中的細菌、真菌、放線菌、藻類的總稱。其個體微小，一般以微米或毫微米來計算，通常1克土壤中有106～109個，其種類和數(shù)量隨成土環(huán)境及其土層深度的不同而變化。它們在土壤中進行氧化、硝化、氨化、固氮、硫化等過程，促進土壤有機質(zhì)的分解和養(yǎng)分的轉(zhuǎn)化。土壤微生物一般以細菌數(shù)量最多，有益的細菌有固氮菌、硝化細菌和腐生細菌；有害的細菌有反硝化細菌等。施用有機肥有益于微生物的生長和繁殖。

　　由于土壤具備了各種微生物生長發(fā)育所需要的營養(yǎng)、水分、空氣、酸堿度、滲透壓和溫度等條件，所以成了微生物生活的良好環(huán)境�？梢哉f，土壤是微生物的“天然培養(yǎng)基”，也是它們的“大本營”，對人類來說，則是最豐富的菌種資源庫。

　　盡管土壤的類型眾多，其中各種微生物的含量變化很大，但一般來說，在每克耕作層土壤中，各種微生物含量之比大體有一個10倍系列的遞減規(guī)律：細菌(～108)>放線菌(～107，孢子)>霉菌(～106，孢子)>酵母菌(～105)>藻類(～104)>原生動物(～103)

　　由此可知，土壤中所含的微生物數(shù)量很大，尤以細菌居多。據(jù)估計，在每畝耕作層土壤中，約有霉菌150kg，細菌75kg，原生動物15kg，藻類7.5kg，酵母菌7.5kg。通過這些微生物旺盛的代謝活動，可明顯改善土壤的物理結構和提高它的肥力。

　　土壤微生物功能多樣性：指土壤生態(tài)系統(tǒng)中微生物的物種豐富度和均一度，主要從分類學、系統(tǒng)學和生物地理學角度對一定地域內(nèi)物種的現(xiàn)狀進行研究。主要通過培養(yǎng)基最大限度地培養(yǎng)各種菌落，由此了解土壤中可培養(yǎng)的微生物種群。

　　土壤微生物的功能多樣性：指土壤微生物群落所能執(zhí)行的功能范圍以及這些功能的執(zhí)行過程，對自然界元素循環(huán)具有重要意義如：分解功能、營養(yǎng)傳遞功能以及促進或抑制植物生長的功能等。

　　一般采用底物誘導下的代謝響應模式測算土壤微生物群落的代謝功能多樣性。

　　土壤微生物結構多樣性：指土壤微生物群落在細胞結構組分上的多樣化程度，這是導致微生物代謝方式和生理功能多樣化的直接原因。

　　土壤微生物的遺傳多樣性：是土壤微生物在基因水平上攜帶的各類遺傳物質(zhì)和遺傳信息的總和，這是微生物多樣性的本質(zhì)和最終反映。

　　土壤微生物是土壤中物質(zhì)轉(zhuǎn)化的動力：如;固氮作用，硝化作用、反硝化作用、腐殖質(zhì)的分解和合成，土壤酶與微生物細胞一起推動物質(zhì)轉(zhuǎn)化。

　　全球變暖、森林銳減、土壤退化都與微生物有關。